В поисках проблем
Если смотреть в биосе контроллера, то все диски видны, а операционная система даже не пытается определить их как блочные устройства. В boot.log, syslog и dmesg ошибок не было обнаружено. После нескольких часов чтений и блужданий додумался посмотреть состояние дисков в биосе контроллера. Оказалось они все были в состоянии unconfigured (bad), что равносильно degraded raid, потому и в операционной системе их не было видно.
Ремонт
По сути весь ремонт сводится к тому, чтобы пометить диски как unconfigured (good) после чего у них состояние поменяется на online и все заработает в штатном режиме.
При инициализации контроллера жмем CTRL+H, чтобы зайти в настройки MegaRAID BIOS. Поскольку мышь там почему-то не работает, то дальше активно юзаем Tab.
Жмем Start и в меню выбираем опцию Drives.
Выбираем диск, ставим радио кнопку на Properties и жмем Go.
Ставим радио кнопку на Make Unconf Good и жмем Go. Повторяем все тоже самое для всех дисков.
Далее выходим в меню и выбираем опцию Scan Devices, жмем Preview, выбираем нужную конфигурацию (если есть специфичные) или просто оставляем All configurations по-умолчанию и жмем Import. Дальше Exit.
Грузимся в штатном режиме. Если в fstab закоментировали блочные устройства, то раскоментируйте. Проверьте есть ли блочные устройства ls -l /dev/sd* и выполняйте mount -a, чтобы примонтировать все диски, если необходимо. Все данные на месте.